La Sezione delle Isole Minori, ubicata in un piccolo edificio antistante a quello della Sezione Preistorica, dedica le sue Sale espositive (Sale: XI-XV) alla presentazione di contesti di materiali che coprono, secondo un criterio cronologico, l'Età Neolitica, l'Età Eneolitica, l'Età del Bronzo, provenienti dalle stazioni  preistoriche di Salina, Filicudi, Panarea, Alicudi, Stromboli.

L'esposizione inizia con la Sala XI, ovvero dall’andito d’ingresso all’edificio, con una esemplificazione di grandi pithoi (Fig.1) provenienti dalle capanne della Media Età del Bronzo dell’isola di Salina (Portella).  

Le successive Sale XII-XIII espongono materiali cronologicamente inquadrabili tra il Neolitico Medio e la Prima Età del Bronzo; le Sale XIV-XV, infine, espongono materiali riferibili alla Media Età del Bronzo.