La Prima Età del Bronzo (fine III - prima metà II millennio), rappresentata dalla stazione eponima di Capo Graziano dell'isola di Filicudi, è documentata, ancora nella Sala XII, da materiali provenienti dagli scavi condotti lungo il margine meridionale del Piano del Porto (Fig.8),  le cui forme si ricollegano a prototipi del Protoelladico III e del Mesoelladico Iniziale della Grecia continentale, nonchè da materiali  che costituivano i corredi funerari di alcune sepolture ricavate entro anfratti naturali lungo le pendici della Montagnola di Capo Graziano (Fig.9).

Anche la Sala XIII espone materiali che appartengono alla "Cultura di Capo Graziano", ma che provengono dall'insediamento, risalente alla prima metà del II millennio, sulla sommità del Capo Graziano di Filicudi, ovvero stamnoi, orci, brocche, scodelle carenate, uncini fittili "ad àncora", una forma di fusione per strumenti di bronzo (Fig.10),  ceramiche di importazione egea. Non mancano, comunque,  materiali della medesima Cultura, provenienti da Punta di PeppaMaria di Panarea (Fig.11) e dalla località Fucile di Alicudi (Fig.12).

La Media Età del Bronzo (XIV - inizi XIII sec. a.C.), rappresentata dalla stazione eponima di Capo Milazzese dell’isola di Panarea, è documentata, a partire dalla Sala XIV, da materiali provenienti da Capo Graziano di Filicudi, ovvero bacili ad altissimo piede tubolare (Fig.13) e frammenti di ceramiche micenee dello "stile IIIA" (Fig.14).

La medesima Sala riserva uno spazio iniziale all’esposizione di ceramiche locali, decorate a incisioni, e di ceramiche importate dalle coste della penisola italiana, provenienti dall’isola di Stromboli (area retrostante la chiesa di San Vincenzo), rappresentativi della precedente "Cultura di Capo Graziano" (Fig.15).

La Sala XV espone materiali provenienti dall’insediamento della Portella (Fig.16), fra cui risaltano due collane, una in pietra dura (corniola), l'altra in pasta vitrea (Fig.17), e del Serro dei Cianfi (Fig.18) di Salina, nonché dall'insediamento del Capo Milazzese di Panarea, con materiali relativi a bacili ad alto piede tubolare, zuppiere, bottiglie, orci, teglie, fruttiere, sostegni di vasi, fuseruole, corni apotropaici (Fig.19), una forma di fusione in arenaria per larghi nastri rigati (Fig.20), ceramiche di importazione mesoappeniniche ed egee (Fig.21).