1.    Sezione Preistorica
2.    Sezione Epigrafica e giardino Epigrafico
3.    Sezione delle Isole Minori
4.    Sezione Classica
5.    Sezione Vulcanologica
6.    Sezione di Paleontologia del Quaternario
7.    Deposito delle grandi terracotte
8.    Padiglione I - Spazio espositivo
9.    Gendarmeria
10.  Direzione ed uffici
11.  Biblioteca (Edificio del XIII Sec.)
12.  Ristorazione e Biglietteria
13.  Laboratorio di Ceramica
14.  Ascensore

A.  Fortificazione di epoca spagnola
B.  Torre greca e torre porta normanna
C.  Percorso di ronda
D.  Scavi archeologici
E.  Parco archeologico con sarcofagi della Necropoli di c.da di Diana
F.  Teatro all'aperto (1978)
G.  Chiesa di S.Maria delle Grazie (XVIII Sec.)
H.  Chiostro del monastero normanno (XII Sec.)
I.  Cattedrale di S.Bartolomeo (dal XII al XIX Sec.)
L.  Chiesa dell'Immacolata (XVIII Sec.)
M.  Chiesa dell'Addolorata (XVI Sec.)
N.  Ex. Chiesa di S.Caterina (XVI Sec.)
O.  Aree di pertinenza del Museo