Quanto alle strutture, a partire dal 1975 il DRAFD, oltre alla propria sede in Palermo, si è avvalsa, per la sua attività, di appositi gruppi di lavoro in seno agli Ispettorati ripartimentali delle foreste, fino al 2001, quando in attuazione della legge regionale 15 maggio 2000 n. 10 e della successiva legge regionale 6/2001, è stata disposta l'articolazione del DRAFD in 6 strutture intermedie (aree e servizi) centrali e 10 strutture periferiche (9 uffici provinciali e direzione Riserva naturale orientata "Zingaro").

Con DPRS n. 227/SC del 13.08.2004, in applicazione della legge regionale 3 dicembre 2003 n. 20, è stata disposta l'attuale organizzazione delle strutture intermedie del DRAFD, che si riporta di seguito, unitamente alle competenze nominali di ciascuna struttura:

Area affari generali
Attività strumentali serventi il Dipartimento - Gestione beni mobili - Segreterie dell'Ispettore Generale - Relazioni con le OO.SS. rappresentative del Personale regionale - Gestione del personale in servizio presso il Dipartimento - Rapporti interdipartimentali.

Area affari legali e contenzioso
Trattazione e coordinamento degli affari legali del Dipartimento, nelle sue strutture centrali e periferiche - Coordinamento della rappresentanza e difesa legale nelle varie sedi giurisdizionali - Pareri legali - Supporto tecnico-legale e consulenza all'ispettore Generale.

Area di coordinamento e programmazione generale
Supporto all'Ispettore Generale per la programmazione dell'attività in attuazione degli obiettivi strategici ed operativi - Rapporti con il Servizio di valutazione e controllo strategico - Valutazione della Dirigenza, di concerto con l'area AA.GG - Rapporti con il Servizio di controllo interno e di gestione - Coordinamento dell'attività di formazione.

Servizi

• Servizio 1°- Bilancio e gestione amministrativa
  Programmazione finanziaria, monitoraggio e controllo dei fondi del bilancio regionale - rubrica Azienda - dei fondi comunitari ed extraregionali.
• Servizio 2° - Contratti
  Rogiti dei contratti - Concessioni - Servitù - Inventario e gestione beni immobili, comprese le alienazioni e retrocessioni - Registri patrimoniali.
• Servizio 3°- Servizi tecnici forestali ed interventi.
  Programmazione e coordinamento tecnico delle attività forestali nell'ambito del demanio forestale e delle superfici comunque gestite dal DRAFD, ad eccezione di quelle ricadenti nelle aree protette direttamente gestite - Piani di gestione forestale - Servizi e consulenza tecnico-forestale - Gestione tecnico-amministrativa e contrattuale degli operai forestali.
• Servizio 4° - Gestione delle aree protette ed interventi
  Programmazione e coordinamento tecnico delle attività nell'ambito del demanio forestale e delle superfici comunque gestite dal DRAFD, ricadenti nelle aree protette direttamente gestite - Piani di gestione e di intervento delle Riserve Naturali affidate in gestione all'Azienda - Servizi e consulenza tecnica in materia ambientale - Conservazione della natura e recupero della fauna selvatica - Attività promozionali e di ricerca nelle aree protette.
• Servizio 5° - Sistemi informativi ed ampliamento del demanio forestale regionale
  Gestione sistemi informativi del Dipartimento, compresi i sistemi informativi territoriali ed i collegamenti con altri SIT - Gestione del sito Web del Dipartimento e degli aggiornamenti dello stesso - Acquisizioni, espropriazioni, conferimenti, convenzioni.
• Servizio 6° - Programmazíone interventi; OO.PP e lavori in appalto
  Supporto all'Ispettore Generale per la redazione del programma triennale delle OO.PR e dell'elenco annuale delle OO.PR e degli interventi -Attività di coordinamento tecnico per i lavori in appalto - Attività di progettazione e realizzazione di interventi di particolare complessità.

Riserva Naturale Orientata "Zingaro"
Attività inerenti la gestione, la conservazione, la tutela e la valorizzazione.

Uffici Provinciali del DRAFD
Progettazione ed esecuzione degli interventi forestali e/o comunque afferenti i compiti istituzionali del DRAFD nelle aree del demanio forestale, nelle superfici comunque gestite e nelle aree naturali protette affidate in gestione alla stessa; espletamento delle attività tecniche ed amministrative inerenti alla gestione del demanio forestale e delle altre superfici gestite; formulazione di proposte per la redazione dei programmi di attività, di intervento e di OO.PP; rappresentanza in sede periferica del DRAFD, su delega dell'ispettore Generale.