La collezione subacquea del Museo archeologico “A. Salinas” è di recente formazione. Negli anni 1950-60 divennero più frequenti le scoperte di reperti recuperati sui fondali marini. I primi sommozzatori siciliani (Ottavio Zanca, Cecè Paladino, Mario Savona, Enzo Sole ed altri) collaborando attivamente in quel decennio con la Soprintendenza Archeologica della Sicilia Occidentale, arricchirono con i loro ritrovamenti il patrimonio del Museo archeologico, formando così il nucleo primario della collezione subacquea.

Le ancore in piombo hanno perso il loro valore documentario a causa di recuperi casuali, presentano senz'altro notevole interesse legato a motivi decorativi ed alle iscrizioni.
Inoltre sono presenti un piccolo nucleo di Ancore in pietra . Si tratta di pietre piatte con uno o più fori, nei quali si suppone erano infilati spezzoni lignei e fissate le corde di tenuta. Nella quasi totalità queste pietre vengono trovate senza contesti archeologici, in bassi fondali e dunque risulta difficoltoso distinguere fra pietre riconosciute come ancore o come corpi morti ( mazzera ), per piccoli natanti, da usare nel luogo solito di ancoraggio. In assenza di altri elementi è veramente difficile datarle poichè il loro utilizzo è ancora in uso fra i pescatori. Le Anfore , esposte nel chiostro minore, sono frutto di una selezione tra gli innumerevoli contenitori da trasporto conservati nei magazzini. Gli esemplari si riferiscono a più tipologie: puniche, greche e romane attribuibili a diverse correnti del commercio marittimo di prodotti alimentari. Sono da riferirsi certamente a giacimenti di relitti di navi onerarie dei quali però si è perduta l'esatta localizzazione.

Tra i reperti della Collezione spicca, il Bronzetto importato probabilmente dalla Fenicia e recuperato nel tratto di mare antistante Selinunte (TP) nel 1955.
Si tratta di una figura maschile barbata che rientra nell'iconografia Siro.-Palestinese del Dio Abbattente, si data I Millennio.