Una tra le più importanti collezioni antiquarie di proprietà ecclesiastica arrivata al Museo (tra il 1861-63) dopo l'abolizione delle corporazioni religiose è stata il Museo dei Padri Gesuiti di Palermo, questa prese il nome dal suo fondatore Padre Ignazio Salnitro che lo fondò nel 1730. Questa si compose grazie alla forza della ricerca erudita del XVIII sec. ed incrementata con acquisti effettuati nel mercato antiquario. Il Museo Salnitriano si trovava all'ultimo piano del Collegio Massimo, nello storico edificio oggi sede della Biblioteca Centrale della Regione Siciliana.