Il Museo di Filicudi, Sezione Distaccata del Museo di Lipari, aperto al pubblico nel 2003 ed innaugurato nel 2004, rappresenta un vero e proprio modello di museo d’isola. 
Ubicato a Filicudi Porto, in una tipica casa isolana a due Piani con vista sul villaggio preistorico di Capo Graziano, il Museo si articola in cinque Sale Espositive, quattro al Primo Piano, una al Piano Terra.
Il percorso inizia al Primo Piano con la Sala I (Fig.1) che ha carattere introduttivo e propone, con un apparato didattico-illustrativo, la cronologia geologica e storica dell’isola, la geodinamica e la vulcanologia, l’evoluzione della vita in ambiente insulare, la conservazione e tutela del patrimonio biologico, il rapporto uomo ambiente. 
La Sala II (Fig.2) è dedicata all’esposizione di reperti archeologici, inquadrabili tra la Prima Età del Bronzo (fine III - prima metà II millennio a.C.) e la Media Età del Bronzo (XIV - inizi XIII sec.a.C.), provenienti dagli scavi dei villaggi di Piano del Porto e di Capo Graziano, nonché materiali di Età Greco-Romana, soprattutto frammenti di ceramica a vernice nera e frammenti di ceramica in “terra sigillata africana”, a testimonianza di una lunga e continuata frequentazione dell'isola.
La Sala III è riservata all’archeologia marina, con una suggestiva esposizione di anfore da trasporto e di ceppi d’àncora   (Fig.3). Il complesso delle anfore comprende:  un’anfora punica del V sec. a.C. (Fig.4), anfore greco-italiche del IV sec. a.C. (Fig. 5), anfore del II sec. a.C. provenienti dal Relitto “A” Roghi (Fig.6), anfore romane di Età Tardo-Imperiale (Fig.7).
La Sala IV è in corso di allestimento.
Al Piano Terra, in un’unica grande sala (Fig.8), è esposto materiale etnoantropologico,  ovvero oggetti della cultura materiale isolana, che ancora oggi si conserva nell’isola.
Si tratta di utensili d’uso comune o di attrezzi da lavoro, come il mulino per la macinazione del grano, arditamente ricostruito al centro della Sala (Fig.9), appartenenti a quel mondo domestico, rurale e marinaro tipicamente filicudaro (Fig.10). Oggetti, liberamente donati da privati cittadini di Filicudi, che hanno saputo scandire e caratterizzare, insieme agli uomini che li hanno costruiti ed utilizzati, la storia dell’isola.