Una particolare importanza tra le raccolte del Museo rivestono quelle del Medagliere, comprendenti diverse decine di migliaia di monete e medaglie, mobili medaglieridi notevole pregio, nonchè ricche collezioni di oreficerie, amuleti, bronzi, piombi, vetri, ossi e avori. Da segnalare anche l'interessante raccolta di cretulae selinuntine, un cospicuo numero di lastre di rame incise e arredi sacri sette-ottocenteschi.