La sezione dei dipinti, ubicata al primo piano, abbraccia un arco cronologico molto ampio che va dal tardo Medioevo al secolo XX. Comprende opere già facenti parte delle collezioni Pepoli, Fardella, Di Ferro, unitamente a dipinti provenienti da edifici religiosi del territorio. Fra i capolavori si segnalano il Polittico raffigurante la Madonna in trono con Bambino che incorona Santa Caterina tra angeli e santi, già nella chiesa sede della Confraternita di Sant’Antonio Abate, riferito ad un anonimo maestro siciliano denominato Maestro del Polittico di Trapani, attivo tra la fine del Trecento e gli inizi del Quattrocento, e l’intensa Pietà del napoletano Roberto di Oderisio, seguace di Giotto, in cui le suggestioni della pittura giottesca convivono con l’elegante linearismo ereditato dalla pittura senese. Alla mano del pittore viterbese Antonio del Massaro detto il Pastura sono riferite le tre tavole, già parte di un polittico smembrato, raffiguranti La Madonna in trono con Bambino, San Pietro e San Francesco d’Assisi, che nell’elegante linearismo delle figure presentano numerose affinità con la maniera del Pinturicchio, il grande pittore perugino con il quale il Pastura collaborò nella decorazione degli appartamenti Borgia in Vaticano. Nel percorso espositivo numerose le tele riferibili ai grandi maestri del Seicento napoletano e meridionale, dal Ratto d’Europa di Bernardo Cavallino alla sensuale Maddalena di Andrea Vaccaro. Al pennello del grande maestro veneto Tiziano Vecellio viene attribuito il San Francesco riceve le stimmate, un tempo nella chiesa di San Francesco d’Assisi a Trapani, in cui la drammaticità del sacro evento sembra riflettersi nelle intense tonalità del cielo, squarciato dai bagliori luminosi dell’alba. Nell’ampia sala dedicata alla pittura di “Natura Morta” sono presenti numerose tele espressione di quel genere pittorico che ebbe nel XVII secolo ampia diffusione in Italia e nelle Fiandre: alla Natura morta con frutta del napoletano Giuseppe Ruoppolo, in cui l’uso sapiente della luce dona tangibile concretezza alle diverse specie vegetali, si affianca la scenografica Allegoria della Terra del pittore fiammingo Abraham Brueghel. Sono invece espressione della cultura locale dal tardo Manierismo al tardo Barocco le tele dei trapanesi Vito Carrera, Andrea Carreca, Domenico La Bruna. La pittura del primo Novecento è rappresentata dal Ritratto di Nunzio Nasi, opera del torinese Giacomo Balla, che, ricorrendo alle tecniche proprie della pittura divisionista, immortalò, come in un’istantanea fotografica, il noto politico trapanese, all’epoca ministro della Pubblica Istruzione.