Die Sektion der paleontologie des Quarternariums ist z.Zt in einem Raum untergebracht welcher als Krankenstation des faschistischen Gefangenlagers diente, südwestliche Lage des Castello.
Diese Sektion ist den Fossilien enthaltenden Ablagerungen des Äolischen Archipels im Verlauf des Quarternariums gewidmet und die Aufklärung geben über die Morphologie und Lebensformen der Insel vor der Ankunft der Menschen.
In diesem Sinne bietet sie eine Ausstellung von Fossilien hauptsächlich von Lipari (Fig.1), und Panarea (Fig.2)
Absolut außergewöhnlich, wegen seiner Seltenheit, ein Panzerfragment einer Landschildkröte, entdeckt in Lipari, eingeschlossen in vulkanischen Ablagerungen von Valle Pera: Bis jetzt der älteste „Besucher“ des Archipels (Fig.3).