Nei bracci coperti dell'atrio sono esposte numerose sculture ed epigrafi provenienti dalle collezioni storiche del Museo. Si segnalano "altari funerari" rinvenuti a Roma e facenti parte della Collezione Astuto; la bellissima "statua di Menade" in marmo grigio e bianco proveniente dalle Terme di Caracalla e portata qui dai Borbone; le statue colossali da Solunto e alcuni sarcofagi di forme diverse.
Sono esposti anche numerosi ceppi d'ancora della ricca collezione subacquea.
